Kariyeri [değiştir]Futbola 11 yaşında, Bakırköyspor altyapısında başladı. 17 yaşında Süper Lig takımlarının dikkatini çekti. İlk olarak Ankaragücü’ne transfer oldu. Oradaki 1,5 senelik macerasının ardından Türk Telekom’a kiralandı. 2. Lig A Kategorisi'nde 1,5 sezon geçirdikten sonra Ankaragücü’ne döndü ve 4 sene daha sarı – lacivertli takımla Turkcell Süper Lig’de top koşturdu.
Son iki sezon Ankaragücü’nün kaptanlığını da yapan Emre Güngör, 22 kez Ümit Milli oldu. 2007 - 2008 sezonu ara transfer döneminde Galatasaray’a katıldı. Rigobert Song gibi bir dünya yıldızının Afrika Kupası’nda bulunduğu sırada forma şansı bulan Emre, Galatasaray defansına çabuk uyum sağladı. Kısa sürede defansın vazgeçilmezi haline gelen Emre, Fatih Terim tarafından Euro 2008 kadrosuna dahil edildi.